O Departamento de Clínica Cirúrgica teve como embrião um seleto grupo de cirurgiões contratado para ministrar aulas na então Faculdade de Medicina do Norte do Paraná, em meados de 1969/1970: Dr. Humberto de Moraes Novaes, Dr. João Carlos Thomson, Dr. Lucio Tedesco Marchese, Dr. João Amorim Filho, Dr. José Carlos Pareja, Dr. José Manella Neto, Dr. Luis Carlos Coelho Neto Jeolás e Dr. José Mario Marcondes dos Reis. Nessa época, o Dr. Humberto foi designado primeiro chefe da então disciplina de Clínica Cirúrgica, que permaneceu com esse nome até 1972.

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Com a fundação da UEL em 1970, foram formados novos departamentos, e entre 1972 e 1973,  o nome Clínica Cirúrgica desaparece, sendo seus docentes incorporados ao Departamento de Gastro-Pneumo-Cardio-Angiologia. O Dr. Lucio Tedesco Marchese, Cirurgião Pediátrico, foi transferido para Departamento de Pediatria, enquanto o Dr. Humberto de Moraes Novaes assumiu a superintendência do Hospital Universitário.

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O Departamento de Gastro-Pneumo-Cardio-Angiologia teve como primeiro chefe o Dr. Nelson Morrone, que deu lugar ao Dr. João Amorim Filho (1976) e a seguir ao Dr. José Eduardo de Siqueira, em 1977. Como curiosidade, um dos primeiros estagiários desse departamento foi o ilustríssimo Dr. Ascêncio Garcia Lopes!

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Em 1978 ocorre uma nova redistribuição dos Departamentos e, em meio a um período conturbado e caracterizado por interferências politicas na administração da Universidade, mudanças bruscas e imposição de cargos, cria-se o novo Departamento de Cirurgia. 

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Na primeira reunião do Departamento de Clínica Cirúrgica do ano de 1978, no dia 11 de fevereiro, o Dr. João Carlos Thomson foi eleito pelos colegas Chefe do Departamento, sendo o Vice-Chefe o Dr. Axel Werner Hulsmeyer. Nessa mesma reunião, o Dr. Thomson encaminha solicitação urgente ao Reitor, na época o Sr. José Carlos Pinotti, para que se estabeleça uma definição clara quanto à composição das disciplinas que fariam parte dos departamentos e para a regulamentação do ano letivo do Curso de Medicina, o que de fato se conseguiu,  permitindo o início regular do curso em março daquele ano.

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A administração do Dr. João Carlos Thomson ficou marcada por uma profunda reestruturação no Departamento de Clínica Cirúrgica, caracterizada por uma melhor distribuição e adequação das disciplinas da área cirúrgica, investimentos em capacitação pessoal e estímulo ao ensino e pesquisa. Reuniu-se um grupo incomparável de profissionais, contando com nomes como: Pedro Garcia Lopes, Aloísio Ribeiro de Lima, Antonio Marcos Arnulf Fraga, Jesus Roberto Ceribelli, João Amorim Filho, José Carlos Pareja, José Manella Neto, José Mário S. Marcondes dos Reis, Lauro Brandina, Luiz Carlos C. N. Jeolás, Osman B. Ferraz, Lício Hélio Francisconi, Rui Viana Junior, Axel Werner Hulsmeyer, Sakukiti Uehara, Lamartine Correa de Moraes Filho, José Adaulto T. Rocha, Francisco Pereira Silva, Edivaldo Macedo de Brito, Manuel Maria V. Calland, Jose Carlos Lacerda de Souza, Mauro Roberto Bergonse, Mario Tadaiti Iria, Máximo Gonzalez Donoso, Murilo H. Carvalho, Nelson B. F. Pimpão, Orley B. Ferraz, Paschoal José Imperatriz, Plácido Arrabal. Ronald S. Peixoto, Wilson G. Campos, Yoshihiro Fujii dentre muitos outros.

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   Durante sua gestão, a adoção de posições firmes e bem fundamentadas pavimentou as bases para o protagonismo e liderança do Departamento de Clínica Cirúrgica, cujo exemplo garantiu que essa posição  fosse assegurada e mantida pelos Chefes subsequentes.    

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A coragem, determinação e credibilidade desses grandes mestres, que dedicaram grande parte de sua vida ao Departamento de Clínica Cirúrgica, sempre com o objetivo de ensinar e garantir uma formação ética e de qualidade aos novos cirurgiões, é a motivação que deve nortear o empenho dos mais jovens a seguir o exemplo  e manter esse legado .